1872年3月9日马偕博士从淡水登陆，6月1日即开始诊疗工作，传道过程中深刻体会当时民众对医疗的需求，也了解透过医疗更能贴切人心、达成传道的大使命，故在1880年于淡水创建台湾北部第一所西医院“偕医馆”，以造福广大之民众。之后虽历经战争、马偕博士过世等因素而中断偕医馆业务，但因为马偕精神已深植于广大民众心中，为纪念这位跟随耶稣基督脚迹，以“基督救世之精神，医治病患之肉体、精神及灵魂”、将其一生献给台湾的外国人，在1912年12月26日选在中山北路现址，举行马偕纪念医院落成典礼。

自成立至今，马偕纪念医院成为台湾医界、社会民众公认最能具体展现关怀、照护弱势族群、落实爱人如己的教会指标医院，马偕博士从淡水出发，以医疗达成传道使命，也是本院的立院精神，并因此开启马偕医院在台湾医界的重要角色。